Im Rahmen einer Fusion der appenzellischen Bahnen nämlich der Trogenerbahn, der Rorschach-Heiden-Bergbahn, der Bergbahn Rheineck-Walzenhausen und der ehemaligen Appenzeller Bahnen entstanden im Sommer 2006 die neuen Appenzeller Bahnen. Das erst junge Unternehmen sieht auf eine bewegte Vergangenheit zurück.

1856 wird die normalspurige Linie Winterthur–St. Gallen der St.Gallisch-Appenzellischen Eisenbahngesellschaft eröffnet, welche später durch die SBB betrieben wurde. In den Folgejahren wurde das Streckennetz permanent ausgebaut und im Jahre 1886 wurde durch die ein Jahr zuvor gegründete Appenzellerbahn-Gesellschaft die erste typische AB Linie Urnäsch–Appenzell eröffnet. Nur vier Jahre später wird von St.Gallen nach Gais die Appenzeller-Strassenbahn-Gesellschaft (SGA) ins Leben gerufen, welche im Jahre 1904 bis nach Appenzell ausgebaut werden konnte. Ebenso kurz nach der Jahrhundertwende wurde die Altstätten-Gais-Bahn eröffnet, welche im Jahre 1949 in einer ersten Fusion der SGA angeschlossen wurde. Der offizielle Zusammenschluss der grossen Linien AB und SGA kam dann erst Ende der 80 Jahre zu Stande.

Im Jahre 1872 gab es erste Bestrebungen die Stadt St. Gallen mit den umliegenden Appenzeller Gemeinden zu verbinden. Das Projekt stiess jedoch aus verschiedenen Gründen auf Ablehnung. Das im Jahre 1889 gebildete Eisenbahnkomitee beauftragte den Ingenieur Kürsteiner einen neuen Vorschlag zu unterbreiten. Doch auch dieser stiess auf Ablehnung. Nur wenige Jahre später legte der selbe Ingenieur noch einmal ein überarbeitetes Projekt vor, welches jedoch in der letzten Minute von einem Konkurrenzprojekt ausgestochen wurde. Der Ingenieur du Riche aus Zürich, welcher die Bahnlinie neu über die Vögelinsegg anstatt die Speicherschwendi plante, bekam den Zuschlag vom Komitee welches für eine Oberexpertise zugezogen wurde. Am 10. Juli 1903 wurde der Betrieb eröffnet.

1871 bemüht sich der aufblühende Kurort Heiden um eine Bahnverbindung zur Handels- und Hafenstadt Rorschach am Bodensee. Die beigezogenen Eisenbahningenieure Riggenbach und Zschokke raten zu einem Zahnradprojekt mit Normalspur. Die 6 Kilometer lange Strecke wurde im Jahre 1875 mit einem grossen Festakt eröffnet und nahm anfänglich den Betrieb mit 2 Dampflokmotiven und 6 Personenwagen auf. In den folgenden Jahren fand eine erfreuliche Entwicklung des Reiseverkehrs statt und es wurde gar eine Erweiterung der Linie bis Trogen diskutiert, welche jedoch wegen verschiedenen Schwierigkeiten nicht umgesetzt werden konnte.

In den folgenden Jahren verkehrten auf dem Schienennetz der RHB einige sehr spezielle Fahrzeuge, so zum Beispiel ein erster doppelstöckiger Aussichtswagen oder im Jahre 1938 der Rote Pfeil.

1870 verzeichnet der Kurort Walzenhausen im Appenzellerland über dem Bodensee eine Zeit der wirtschaftlichen Blüte. Die maschinelle Hand- und Kettenstickerei floriert und der Tourismus nimmt stetig zu. Ursprünglich wurde eine Bahnverbindung von Walzenhausen nach Heiden geprüft, als bessere Alternative erwies sich aber der Ausbau der Linie ins Rheintal nach Rheineck. Nach der schwierigen Finanzierungsphase wurde der Bau der Linie im Jahre 1895 in Angriff genommen und noch im gleichen Jahr im September konnte der Durchbruch des unteren Tunnels gefeiert werden. Da die Bahn ursprünglich mit dem sogenannten Wassergegengewichts-System betrieben wurde, musste die Kreuzungsstelle genau in der Mitte der Strecke liegen. Daher konnte die Bahn anfänglich nur bis Ruderbach verkehren. Im Jahre 1910 erfolgt die Weiterführung der Strecke bis Rheineck und im Jahre 1958 wurden die wasserbetriebene Fahrzeuge endgültig durch elektrische Triebwagen ersetzt.